باتوجه به تریپلویید بودن زعفران و عدم امکان انجام اصلاح به روش های معمول، ثبت و حفظ ژنوم زعفران ایران و محافظت از آن جهت حفظ جایگاه ایران در زعفران دنیا ضروری است. از این رو کارگروه پژوهشی تلاش می‌کند با ایجاد کلکسیون ارقام بومی و وحشی و مطالعه جمعیت های موجود زعفران،ارقام جدیدی را انتخاب و ارائه نماید که نسبت به شرایط اقلیمی متفاوت ایران سازگاری کافی را داشته و اثرات تغییر اقلیم بر آن کمتر تاثیر بگذارد.

اولویت های پژوهشی این گروه به شرح ذیل می باشد:

بررسی روش ها و پیامدهای ترسیب کربن در اراضی تحت کشت زعفران
اثر اصلاح کننده ها و پایدارکننده های خاک در بهبود عملکرد زعفران
بررسی اثر زعفران در فرآیند گیاه پالایی خاک و تصفیه آب و پساب
مکان یابی و استعدادیابی اراضی جهت توسعه کشت زعفران
تهیه بانک بنه (توده‌ها و اکوتیپ‌های مناطق مختلف زعفران‌کاری ایران و جهان)
وزن و تراکم مصرف بذر (بنه) در هکتار و حصول عملکردهای مطلوب
مدیریت آبیاری های بحرانی و اثرگذار در رشد و نمو و عملکرد کمی و کیفی
مدیریت بیماریهای قارچی، ویروسی و باکتریائی بویژه قارچی (مشکل عمده مناطق گرمسیر)
توسعه کشت و کار زعفران ارگانیگ و سالم
کنترل جوندگان (بویژه موش) با استفاده از رادیو موج ها و روش‌های بیولوژیکی
افزایش ماندگاری گل و روش‌های نوین خشک کردن کلاله (ارزش آفرینی)
توسعه مکانیزاسیون کاشت بذر (بنه )، داشت، برداشت و جداسازی اجزای گل زعفران
بررسی روش‌های امکان کاشت مجدد زعفران بعد از پایان دوره کاشت
بررسی و تعیین نیازهای غذایی زعفران بخصوص عناصر ریزمغذی و میکروارگانیسم‌های مفید
تعیین واکنش و آستانه تحمل زعفران به تنشهای غیرزیستی (به ویژه شوری و گرما)
بررسی فنی و اقتصادی تولید زعفران در شرایط کنترل شده
بررسی فنی و اقتصادی تولید زعفران با استفاده از منابع آبهای غیرمتعارف
بررسی کیفیت و میزان آلودگی زعفران و خاک به عناصر سنگین
بررسی ثبات عملکرد زعفران درطی زمان و پیش بینی عملکرد ان
سنتز سبز نانوذرات مختلف از زعفران و اجزا این گیاه
مدلسازی رشد زعفران با توجه به اثرات تغییر اقلیم.
ارزیابی عوامل موثر بر خلاء عملکرد و ارائه راهکارهای کاهش آن.
ارزیابی فنی و اقتصادی کشت مخلوط زعفران با سایر محصولات کشاورزی
ارائه روش های ممتاز در کاهش اثرات خود و دگرآسیبی زعفران
بررسی روش های بیوتکنولوژی در بهبود ژنتیکی زعفران
اثرات تغییر اقلیم بر کاشت، داشت و برداشت زعفران و راهکارهای مقابله با آن
نقش و کاربرد زعفران و اجزا آن در تغذیه و فیزیولوژی دام و طیور و آبزیان