عملیات ساخت بنای پژوهشکده زعفران در سال 1386 در جنوب غربی مجموعه فرهنگی-گردشگری پیشکوه شهرستان تربت حیدریه از محل اعتبارات ریاست جمهوری آغاز گردید. ساختمان پژوهشکده در ابتدا توسط دانشگاه فردوسی مشهد و به عنوان بخشی از این دانشگاه ساخته شد. عملیات ساخت در سال 1391 به اتمام رسید و در تاریخ 01/09/1391 آماده بهره برداری گردید. این مجموعه در اسفند ماه 1391 و با تصویب هیات امناء، از دانشگاه فردوسی مشهد منفک و به دانشگاه تربت حیدریه واگذار شد.
ساختمان پژوهشکده زعفران در زمینی به مساحت 20 هکتار در مجتمع پیشکوه تربت حیدریه احداث گردیده است. این ساختمان دارای دو طبقه و متشکل از سه بخش آموزشی، پژوهشی و رفاهی می‌باشد که تلاش در جهت ارتقا و اعتلای دانش زعفران با تکیه بر کلیه جنبه‌های تولید، فرآوری و بازاریابی را تحت پوشش قرار دهد.
با تلاش و پیگیری مسئولین پژوهشکده و دانشگاه و همچنین حمایت های مسئولین وقت شهرستان، در سال 1398 ردیف بودجه هزینه ای مستقل در قانون بودجه کشور به این مرکز اختصاص یافت و در سیزدهمین نشست هیات منای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی استان خراسان رضوی در تاریخ 26/06/1399 چارت سازمانی پژوهشکده مصوب گردید.